Debe hacerlo en la carpeta CGI-BIN, siendo entonces la ruta para sus scripts CGI la siguiente: www.su_dominio.com/cgi-bin.
Recuerde siempre que sus scripts CGI deben ser subidos en modo ASCII y una vez en el servidor, debe darles permiso de ejecución desde su programa de FTP (comando chmod 755). El no cumplir estas indicaciones suelen ser las causas más comunes por las cuales no funcionan los scripts.
Importante: Para que sus scripts CGI respondan a la ruta mencionada anteriormente (www.su_dominio.com/cgi-bin), deberá ubicarlos en la siguiente carpeta del servidor: /public_html/cgi-bin